Lezen van Logos stukken: Een raar resultaat

dinosaur_main_popGoed, na de inleiding nu een inhoudelijk stuk. Ik wil in deze blogs ingaan op de manier van redeneren. Daar pak ik dan een voorbeeld bij, maar het gaat vooral om het herkennen van de redeneerwijze – plus hoe die te toetsen.

Een argument kan op het eerste gezicht sterk overkomen, omdat het een raar resultaat is dat schuurt binnen het heersende model. Maar wat betekent een raar of onverwacht resultaat? Is daarmee aangetoond dat het model niet werkt en dus aan vervanging toe is? En – binnen de context van Logos – is het bewijs dat het jonge aarde model beter is?

Rare observaties zijn er genoeg in de wetenschap. Zeer veel ontdekkingen kwamen onverwacht. Niemand had het bestaan van radioactiviteit voorspeld, maar toen het ontdekt was bleek het prima in te passen in de bestaande wetenschap.

De vondst van ‘zacht weefsel’ in gefossiliseerde dinosaurusbotten is ook zoiets. Dit is weer actueel nu het Logos Instituut een aparte website heeft gemaakt om verzamelaartjes van de AH dinoplaatjes duidelijk te maken dat die miljoenen jaren helemaal niet kloppen. Een van de argumenten op de site is de aanwezigheid van zacht weefsel en rode bloedcellen in dinobotten.

‘Deze zachte delen kunnen niet lang bewaard blijven. Dan vergaan ze namelijk en blijft er niets meer van over’, aldus dinodino.nl. Op de grotemensensite van Logos staat het zo: ‘Misschien wel het meest overtuigende argument dat een hoge ouderdom voor dinosaurusbotten uitsluit is het feit dat ze niet allemaal gefossiliseerd zijn. Er wordt zacht, ongefossiliseerd weefsel gevonden in dinobeenderen.’

Wanneer je een jaar of tien geleden een deskundige zou hebben gevraagd of er organisch materiaal in dinobotten zit, zou die vermoedelijk hartelijk hebben gelachen: ‘Welnee!’ Paleontologen hadden ook niet echt de gewoonte om intacte botten door te breken om te zien wat erin zat. Maar toen er een keer een bot tijdens transport kapot ging en Mary Schweitzer het mocht onderzoeken vond ze iets raars.

En nee, het was niet zo dat er elastische bloedvaten zichtbaar waren in het gebroken bot. Wel hield ze, na het oplossen van het bot (en daarmee het hydrateren van het monster), elastisch materiaal over. Ik schreef er eerder hier en hier over. Zo’n vondst kan twee dingen betekenen:

1) Ons idee over de afbraak van organische stoffen klopt niet

2) Ons idee over de ouderdom van de fossielen klopt niet

 

Hypothese

Het is goed die twee mogelijkheden even uit te schrijven, want Logos gaat direct door naar punt 2. We weten immers hoe bindweefsel afbreekt, dat heeft ‘een halfwaardetijd’. Toe maar, alsof het een puur natuurkundig verschijnsel is dat los staat van omgevingsinvloeden. Dat dit niet zo is, weet iedereen die een composthoop heeft. (Tussendoor: gebruik van de term ‘halfwaardetijd’ is suggestief en in mijn ogen tamelijk dubieus.)

Mary Schweitzer heeft inmiddels een hypothese over hoe organisch weefsel lang bewaard kan blijven. Het ijzer uit hemoglobine bindt zich aan eiwitten en zorgt er via crosslinking voor dat afbraak moeilijker wordt. Via een labexperiment met een hemoglobine oplossing heeft ze aangetoond dat dit kan werken. Het ijzer is overigens niet wat de eiwitten miljoenen jaren goed houdt, er spelen nog andere fossiliserende mechanismen (zoals mineralisering en luchtdicht afsluiten) mee. Het ijzer zorgt er voor dat de eiwitten lang genoeg blijven bestaan om die andere mechanismen een kans te geven.

Kortom, er is een mogelijk mechanisme. Nu gaan we terug naar onze keuze tussen 1) en 2). Schweitzer heeft in ieder geval laten zien dat 1) klopt: er zijn dingen over eiwitafbraak die we nog niet wisten.

Consequentie

Het bewijs voor ouderdomsbepalingen ga ik hier niet bespreken. Ik ga er vanuit dat die dateringen behoorlijk zeker zijn en dat de creationistische kritiek geen hout snijdt, maar dat is een andere discussie. In plaats daarvan wil ik de consequentie van stelling 2) eens onderzoeken. Wat als de dateringen fout zijn en dinobotten een paar duizend jaar jong zijn? Wel, zoals Joel Duff op zijn blog Natural Historian betoogt, zouden we dan in veel meer fossielen niet alleen zacht weefsel, maar ook DNA moeten vinden.

Er is DNA gevonden en afgelezen van Neanderthalers, met dateringen van tienduizend jaar of meer. In het jonge aarde scenario zit je dan ergens niet al te lang na de Zondvloed. Tal van diersoorten die regulieren wetenschappers miljoenen jaren terug dateren zouden ook maar een paar duizend jaar oud zijn. Als we de datering mis hebben, zouden we al lang DNA van dinosauriërs moeten hebben.

Maar waar is het DNA? Schweitzer heeft er naar gezocht, en vond het niet. Zij hoopt in de kurkdroge Gobi woestijn botten te vinden met DNA. Duff heeft een tabel gemaakt met oud DNA dat is gevonden. De trend is duidelijk: hoe ouder het materiaal (volgens reguliere dateringen) hoe minder goed de kwaliteit van het DNA is. Zoals Duff stelt in zijn artikel: in het jonge aarde model verwacht je geen echte correlatie tussen radiodateringen en de kwaliteit van DNA.

Kortom, als we de jonge aarde kritiek accepteren en stellen dat dinobotten hoogstens een paar duizend jaar oud zijn, dan komen we in de knoei met de gegevens. Niet met de dateringen, maar met wat we precies vinden. Een andere vraag die je zou kunnen stellen is: als de meeste fossielen uit de zondvloed afkomstig zijn, waarom zijn er dan zo veel fossielen? Nu vinden we subfossiel en fossiel materiaal. Dat verschil is een gevolg van tijd en omstandigheden.

Subfossiel

Een interessante vraag is hoe zoveel materiaal in 4000 jaar volledig kan fossiliseren. De verdeling tussen fossiel en subfossiel zou – volgens mij – in het jonge aarde scenario vooral moeten komen door de omstandigheden, niet door de tijdsduur (die is voor het meeste materiaal gelijk, namelijk de duur tot de zondvloed). Dat zou een voorspelling over verdeling van fossiel en subfossiel materiaal moeten opleveren die testbaar is.

De conclusie: een rare observatie is reden om eens goed door te denken. De vragen die je moet stellen zijn: a) Is mijn model verkeerd, of spelen er onverwachte omstandigheden die binnen het model verklaarbaar zijn. En b) als mijn model verkeerd is, zijn de resultaten dan beter te verklaren in een alternatief (jonge aarde) model? Wat zijn de consequenties hiervan?

Hoewel we het fijne nog niet weten over conservering van organisch materiaal gedurende miljoenen jaren is er een interessante werkhypothese die zicht biedt op een verklaring. Er is ondersteunend bewijs voor de hoge ouderdom uit geologische observaties en radiodateringen.  Wanneer we de vondst van zacht weefsel in een jonge aarde model willen verklaren, levert dat ook een aantal problemen op.

Conclusie

Op basis van de huidige stand van zaken zie ik geen reden om op basis van het ‘zachte weefsel’ te gaan twijfelen aan de ouderdom van de dinosaurusbotten.

Het is ook relevant nog eens te benadrukken dat nieuwe inzichten het ‘levensbloed’ van de wetenschap zijn. Soms lijken jonge aarde creationisten te suggereren dat wetenschap in steen gebeiteld staat, dat men vast zit in ‘paradigma’s’. Mijn standaard voorbeeld daarbij zijn de natuurkundigen die ik al 20 jaar volg bij de RUG. Zij voerden binnen het Kernfysisch Versneller Instituut een programma uit dat heet ‘physics beyond the standard model’: zij probeerden aan te tonen dat het Standaardmodel van de deeltjesfysica niet compleet is – tot nu toe zonder heel veel succes, maar ze blijven volharden! Het omverwerpen van een paradigma is waar veel wetenschappers juist naar streven.

Dit stuk levert de volgende leeswijzer op voor de stukken op Logos.nl:

1) In hoeverre is een rare observatie te verklaren binnen het reguliere model?

2) Welke vragen roept de verklaring binnen het jonge aarde model op?

 

Verdere uitwerking:

Wat levert toepassing van beide vragen op het door Student genoemde stuk over precambrische pollen op?

Wel, een detailanalyse ga ik hier niet maken, maar dit punt lijkt mij relevant:

“De creationistische verklaring ziet de pollen als autochtoon: ze hebben altijd al in het gesteente gezeten. Volgens het scheppingsmodel zijn pollen er namelijk al de gehele aardgeschiedenis geweest (op het eerste deel van de scheppingsweek na).”

Dit is een statement, en geen verklaring. Nu wordt niet duidelijk hoe de pollen volgens het creationistische model in de precambrische lagen zijn terechtgekomen. Ook Silvestru roert dit niet aan in het artikel waar naar verwezen wordt. Het stuk op Creation.com eindigt met een suggestief stukje:

“It may well be that any serious investigation would unavoidably harm one or more areas of established geology and hydrogeology, and that is something that should be avoided at any cost.”

Dat is niet echt een overtuigende uitspraak. Een gedetailleerde verklaring over hoe die pollen daar komen, waar de planten stonden en waarom we die niet terugvinden in precambrische lagen zou sterker zijn.

Please follow and like:

40 gedachten over “Lezen van Logos stukken: Een raar resultaat”

  1. @René,
    In je artikel staan meerdere fouten, die ik langs wil gaan. Laat ik beginnen met jouw reactie op mijn eigen artikel. Je schrijft:

    “Dit is een statement, en geen verklaring. Nu wordt niet duidelijk hoe de pollen volgens het creationistische model in de precambrische lagen zijn terechtgekomen.”

    Ik ben het daar niet mee eens. Die pollen zijn een probleem voor het evolutiemodel, niet voor het scheppingsmodel. Volgens het scheppingsmodel waren er pollen ten tijde van het ontstaan van de Roraimaformatie, volgens het evolutiemodel niet. Hoe die pollen in het gesteente terecht zijn gekomen? Het precieze mechanisme is mij niet bekend. Er worden pollen in het Zechstein gevonden. Die zijn dus helemaal naar de bodem van de zee gezonken. Als we daar al pollen vinden (normaal zweven pollen en zinken ze niet), dan kunnen we overal pollen vinden. Het wordt lastiger als we pollen vinden in gesteente dat is gevormd en impermeabel is geworden lang voordat er pollen bestonden.

    Meer volgt later.

  2. @Radagast de Student tovenaar 😉 het is een statement. Je kunt wel beweren dat altijd pollen op de aarde zijn geweest sinds de schepping, maar dan moet je verklaren waarom we geen bloeiende planten vinden in het overgrote deel van de aardlagen. Alleen roepen ‘er zijn pollen’ is geen verklaring voor hun aanwezigheid, en geen bewijs voor de aanwezigheid van planten. Je moet dit koppelen aan een geologisch model dat verklaart wat het precambrium is, en waarom daar geen planten en wel pollen zijn.

  3. @René,
    Ik ben geen Precambriumgeoloog, dus ik weet niet of het scheppingsmodel het Precambrium kan verklaren. Daar gaat het ook niet om. Het gaat erom welk model de Roraimaformatie kan verklaren. En ook al is er geen sluitend model voor het scheppingsmodel, zelfs dan blijft het een probleem voor het evolutiemodel. Het lijkt me duidelijk waarom: er zouden nog geen planten bestaan in het Precambrium. Werk aan de winkel voor evolutionisten dus. Ik zie niet in welk probleem er is voor het scheppingsmodel. Als u denkt dat de pollen in de Roraimaformatie een probleem zijn voor creationisten, dan wil ik graag van u weten wat het probleem is.
    Datgene wat we weten over de pollen en de Roraimaformatie, is een probleem voor het evolutiemodel.

  4. “Wel, zoals Joel Duff op zijn blog Natural Historian betoogt, zouden we dan in veel meer fossielen niet alleen zacht weefsel, maar ook DNA moeten vinden.”

    Goed, DNA heeft een halfwaardetijd van zo’n 521 jaar (bron: http://www.nature.com/news/dna-has-a-521-year-half-life-1.11555) en kan daarom slechts onder de meest ideale omstandigheden op aarde (permafrost bijv.) zo’n 6,8 miljoen jaar bestaan. Jurassic Park zou worden uitgesloten (bron: http://www.scientias.nl/nieuw-onderzoek-sluit-gekloonde-dinos-a-la-jurassic-park-uit/73640).

    Niet alleen een voorspelling voor het scheppingsmodel, maar ook voor het evolutiemodel dus.

    1528 bp uit een magnolia en 699 bp van een andere boom van 17-20 miljoen jaar: http://www.amjbot.org/content/91/4/615.full.pdf+html

    820 bp van het rbcL-gen van een magnolia van 17-20 miljoen jaar oud: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2325772.

    1320 bp van het rbcL-gen van een cypres van 17-20 miljoen jaar oud: http://www.pnas.org/content/89/1/449.short

    16S DNA, 18S DNA van een fossiele termiet van 25-30 miljoen jaar oud: http://science.sciencemag.org/content/257/5078/1933

    rbcL-gen van een uitgestorven plant van 25-40 miljoen jaar oud: http://www.nature.com/nature/journal/v363/n6431/abs/363677a0.html

    DNA uit een bij van 25-40 miljoen jaar oud: http://chemport.cas.org/cgi-bin/sdcgi?APP=ftslink&action=reflink&origin=npg&version=1.0&coi=1:CAS:528:DyaK38XisFCrsbs%3D&pissn=0028-0836&pyear=1993&md5=36fd5ce07666674bf2a35cdb9307375e en http://chemport.cas.org/cgi-bin/sdcgi?APP=ftslink&action=reflink&origin=npg&version=1.0&coi=1:CAS:528:DyaK3sXhs1aiu78%3D&pissn=0028-0836&pyear=1993&md5=e75352ff0cac5a9818346cfe4946b07e

    DNA van 30 miljoen jaar oude termieten: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8224109

    Een bacterie van 25-40 miljoen jaar oud tot leven gewekt: http://science.sciencemag.org/content/268/5213/1060.abstract

    18S RNA en 16S RNA van een 125-130 miljoen jaar oude korenworm: http://www.nature.com/nature/journal/v363/n6429/abs/363536a0.html

    Uiteraard mag het dinosaurus-DNA niet uitblijven. Het werd gevonden in een dinosaurusei en komt mogelijk van een foetus, zie: http://paleoglot.org/browse.cfm, kies: Q-Z en dan “A Late Cretaceous dinosaur egg with preserved genetic information from Xixia Basin, Henan, China”.

    En dan hebben we natuurlijk nog de levende bacteriën in steenzout.

  5. @René,
    Zoals ik al zei, maximaal 6,8 miljoen jaar onder de meest ideale omstandigheden. Sterker nog, na 4,2 miljoen jaar zou het DNA niet leesbaar meer moeten zijn. E dat alleen bij uitzonderlijke omstandigheden. Normaal vervalt het veel sneller. Je kunt het idee van halfwaardetijd verwerpen, mij best. Maar dat geeft je niet het recht om er 10 miljoen jaar bij te toveren, laat staat 118 miljoen jaar of 400 miljoen jaar. Die 6,8 miljoen jaar is een ruwe schatting, maar wel de meest nauwkeurige schatting tot nu toe.

  6. “Uiteraard mag het dinosaurus-DNA niet uitblijven. Het werd gevonden in een dinosaurusei en komt mogelijk van een foetus, zie: http://paleoglot.org/browse.cfm, kies: Q-Z en dan “A Late Cretaceous dinosaur egg with preserved genetic information from Xixia Basin, Henan, China”.”

    Het artikel dat Radagast noemt is te downloaden. Het beschrijft het ei, niet enig DNA. Voor DNA verwijst het naar 3 artikelen:
    1. Zou Yuping, Yin Zhen, Fang Xiaosi, etc. DNA in a Late Cretaceous dinosaur egg from Xixia Basin. Science Bulletin, in press.
    2. An Chengcai, Li Yi, Zhu Yuxian, etc. Molecular cloning and sequencing the 18s rDna from specialized dinosaur egg fossil found in Xixia Henan, China. Universitatis Pekinensis (Acta Scientiarum Naturalium), 1995, 31(2):140-147.
    3. Li Yi, An Chengcai, Zhu Yuxian, etc. Dna isolation and sequence analysis of dinosaur DNA from Cretaceous dinosaur egg in Xixia Henan, China. Ibid 148-152.

    Google helpt.
    Het eerste artikel is niet te downloaden: er komt een melding in het Chinees.
    Het tweede artikel geeft een leesbaar abstract met de oa de zin: “Sequence analysis and homology comparison reveal that these fragments have high homology with the 18S rDNA of Amphibia, Reptile, Aves and Human in order” – en dat wekt geen vertrouwen.
    Het derde artikel geeft ook een abstract. In het abstract staat “The results showed that it has significant homology with Xenopus laevis epithelia precuraor- EP-cadherin (40.6%) and brain-cadherin (37.5%), bovine placental cadherin (34.4%) and human placental cadherin (36.4%), respectively” – en dat wekt geen vertrouwen.

    Er is een reactie gekomen op het derde artikel: dat is zelfs de eerste treffer. De reactie is: “Reanalysis of Published DNA Sequence Amplified from Cretaceous Dinosaur Egg Fossil. Hai-Lin Wang, Zi-Ying Yan, and Dong-Yan Jin, Molecular Biology and Evolution 14(5):589-591. 1997 “Taken together, our results from both the similarity alignment and the phylogenetic analysis clearly show that the Peking University scientists accidentally amplified fungal and plant rDNAs in their PCR experiments attempting to get dinosaur DNA.” http://mbe.oxfordjournals.org/content/14/5/589.full.pdf

    Met andere woorden, beginnersfouten in PCR en sequencen.

    Het is typerend voor creationisten dat Radagast niet de moeite neemt om op Google verder te kijken.
    Niet verder zoeken, nooit onkunde toegeven, nooit naar argumenten luisteren: Logos op en top.

  7. Radagast, je voorbeelden van planten DNA laten zien dat je halfwaarde tijd niet algemeen is. De halfwaarde tijd die je noemt uit dat Nature News item gaat over moa uit Nieuw-Zeeland, en geldt voor moa voor die omstandigheden. Er is geen enkele reden om te veronderstellen dat dat algemeen moet zijn. DNA is geen atoom met een vaste radioactieve verval snelheid!

  8. Wat betreft je referenties naar werk uit 1992 1993 over DNA van 30 miljoen jaar dat gevonden zou zijn in barnsteen, dus deze:
    http://chemport.cas.org/cgi-bin/sdcgi?APP=ftslink&action=reflink&origin=npg&version=1.0&coi=1:CAS:528:DyaK38XisFCrsbs%3D&pissn=0028-0836&pyear=1993&md5=36fd5ce07666674bf2a35cdb9307375e
    en
    http://chemport.cas.org/cgi-bin/sdcgi?APP=ftslink&action=reflink&origin=npg&version=1.0&coi=1:CAS:528:DyaK3sXhs1aiu78%3D&pissn=0028-0836&pyear=1993&md5=e75352ff0cac5a9818346cfe4946b07e
    en
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8224109

    Al dat werk bleek niet te reproduceren. We hebben te maken met artefacten. Dat is al minstens 15 jaar bekend. Check bv het overzichtsartikel van Linderholm:
    http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/bij.12616/full
    Linderholm, A. 2016 Ancient DNA: the next generation – chapter and verse Biological Journal of the Linnean Society 117: 150-160.
    Linderholm schrijft:
    “ It was the development of the polymerase chain reaction (PCR) in the late 1980s (Mullis & Faloona, 1987) that led to rapid expansion within the field, and this is by far the biggest revolution in aDNA. Subsequently, there was a string of unsubstantiated claims for the amplification of DNA from multi-million year old samples, typically from organisms preserved in amber, such as weevils (Cano et al., 1993), termites (DeSalle et al., 1992; DeSalle, Barcia & Wray, 1993), and bees (Cano, Poinar & Poinar, 1992), as well as from Miocene plants (Poinar, Cano & Poinar, 1993). These claims were popularized in the book/film, ‘Jurassic Park’ (Crichton, 2012). The ‘pinnacle’ of all these early studies in aDNA was the retrieval of DNA from dinosaur bones dating to over 80 million years ago (Woodward, Weyand & Bunnell, 1994). However, this excitement came to an abrupt halt at the end of the millennium, when several critical reviews were published questioning the authenticity of the extracted DNA. It was revealed that many of the reported aDNA finds could not be replicated and were likely the result of contamination, and methods were proposed aiming to obtain more reliable results (Cooper & Poinar, 2000; Hofreiter et al., 2001). Despite these early problems with contamination, and as a result of the implementation of rigorous controls and methodological improvements (Ho & Gilbert, 2010), results from the field of aDNA are much less likely to be regarded with suspicion.”

  9. Radagast noemt 3 artikelen over 30 miljoen jaar oud planten DNA, uit 1990, 1992, en 2004. Alle drie zijn voorbeelden van ‘extravagant claims’. Het gaat om de artikelen 6, 7, en 8 uit het onderstaande citaat.

    “However, due to the enormous power of PCR to amplify even a few copies of DNA sequences, modern DNA contamination has become a crucial problem. For this reason, many of the most extravagant reports on ancient DNA, including claims of DNA sequences surviving for millions of years in plants [6, 7, 8] and dinosaur bones [9], have been disputed and actually disregarded.”
    http://gsejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/1297-9686-44-21
    Ermanno Rizzi, Martina Lari, Elena Gigli, Gianluca De Bellis and David Caramelli, 2012. Ancient DNA studies: new perspectives on old samples. Genetics Selection Evolution 44:21

    Dat betekent dat alle verwijzingen van Radagast ongeldig zijn. Radagast, waar haal je je informative vandaan? Waarom denk je dat je informatie betrouwbaar is?

  10. Radagast geeft ook nog:
    “18S RNA en 16S RNA van een 125-130 miljoen jaar oude korenworm: http://www.nature.com/nature/journal/v363/n6429/abs/363536a0.html”
    Dat onderzoek is later onderzocht, zie:
    http://mbe.oxfordjournals.org/content/15/7/926.full.pdf
    The Most Ancient DNA Recovered from an Amber-Preserved Specimen May Not Be as Ancient as It Seems. Gabriel Gutie´rrez and Antonio Marín. Mol. Biol. Evol. 15(7):926–929. 1998. Daar staat oa
    “Further, our main conclusion is that the weevil ITS sequence seems to be a fungal contamination.”

  11. Beste Peter,
    Ik ben me ervan bewust dat er sprake is van contaminatie in alle gevallen die ik noemde. Ik heb deze discussie al eerder en vaker gevoerd, o.a. met iemand van TalkOrigins. Het is interessant dat in de meeste gevallen men twee opties open wilde houden, net als jij nu: óf het DNA kan daadwerkelijk zo lang bewaard worden óf het is contaminatie. Ik werd erop gewezen dat veel DNA in barnsteen werd gevonden, wat beschermend werkt. Dit zorgt er dus ook voor dat de kans op contaminatie kleiner wordt. Ik heb je artikelen gelezen (behalve die over het Chinese onderzoek; dat ga ik later doen) en het viel me op dat alle onderzoeken op één hoop worden gegooid en afgeschreven worden als onzorgvuldigheid en contaminatie. Dit treffen we aan bij Linderholm 2016, Cooper & Poinar 200, Hoftreiter et al. 2001 (de laatste twee worden geciteerd door Linderholm 2016) en Rizzi et al. 2012. De enige twee goede argumenten die ik kon vinden zijn: (1) het vinden van DNA in barnsteeninsecten is niet reproduceerbaar en (2) de gevonden sequenties zijn te lang. Wat betreft het eerste punt: dit betekent niets anders dan dat in andere fossielen geen DNA is aangetroffen. Wat betreft het tweede punt: dit werd gemaakt door Austin et al. 1997 voor de korenworm. Zij schrijven:
    “First, PCR fragments in excess of 500 bp were amplified from a Dominican amber bee and weevil (Cano et al. 1992b, 1993). The length of these PCR products is in contrast to the much shorter fragments, in the order of 200 bp or less, that are amplifiable from much younger archaeological specimens.”
    Maar dat geldt helemaal niet voor de korenworm, waar een gedeelte van 226 en een gedeelte van 315 bp is geamplificeerd. Voor de korenworm geldt dat het rRNA van een insect afkomstig was (wat je wel zou verwachten als het van een korenworm afkomstig is). De enige reden die Gutiérrez en Marín geven waarom het recent DNA zou zijn, is dat je zou verwachten dat het geëvolueerd zou zijn als het 125 miljoen jaar oud is. Ik neem aan dat je al weet welk antwoord ik daarop ga geven.
    Voor een groot deel van de kritische artikelen geldt dat het belangrijkste bezwaar is dat ze hebben, de ouderdom van het fossiel is. Als we kijken naar de twee mogelijkheden volgens Renés methode: (a) de fossielen zijn niet zo oud of (b) er is sprake van contaminatie, dan zijn het juist de evolutionisten die alleen maar gaan voor (b) en (a) niet overwegen. Dit geldt ook voor René en Schweitzer, zoals ik later nog hoop te laten zien.
    Ik geef toe en besef heel goed dat er in alle gevallen de goede mogelijkheid is van contaminatie. De meeste gevallen zijn van voor de strikte criteria voor het aantonen van endogeen DNA en voldoen daar niet aan. Ik sluit dus ook de mogelijkheid niet uit dat het in alle gevallen gaat om contaminatie, maar ik heb daar vooralsnog geen diagnostische argumenten voor gezien. Misschien moet je even bedenken wat ik met het laten zien van de paper over aDNA wilde laten zien. Ik wilde helemaal niet aantonen dat die fossielen jong zijn. Ik wilde laten zien dat we DNA in oude fossielen vinden, overeenkomstig de verwachtingen die René en Joel Duff voor het scheppingsmodel schepten (waar ik het overigens niet geheel mee eens ben, omdat ik denk dat dinosauriërs wel degelijk eerder hebben geleefd dan bijv. de Egyptenaren). Het kan contaminatie zijn, maar dan sluit je de mogelijkheid van het uitkomen van deze verwachting op verkeerde gronden uit. Je krijgt dan zoiets als: “Als het scheppingsmodel waar is, dan zou je aDNA moeten vinden in oude fossielen, maar als het eenmaal zo ver is, dan zeg ik dat het contaminatie is.”
    Wellicht nog interessant voor deze discussie: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S875632821201318X. Een recenter voorbeeld van dino-DNA.
    Meer volgt later.

  12. Radagast:
    De enige modelijkheid is contaminatie. Al je genoemde gevallen zijn vroege probeersels, voordat men wist hoe gevoelig PCR is.
    En nee, de redenering is niet
    “Je krijgt dan zoiets als: “Als het scheppingsmodel waar is, dan zou je aDNA moeten vinden in oude fossielen, maar als het eenmaal zo ver is, dan zeg ik dat het contaminatie is.”
    Ten eerste, omdat contaminatie een eigenschap van de methode het gevolg is van onzorgvuldigheid in tijden dat men nog geen adequate labfaciliteiten voor aDNA had, en ten tweede, omdat NIEMAND in zijn onderzoek ooit rekening houd met het ‘scheppingsmodel’. Dat wordt algemeen voor volslagen verwaarloosbaar achterlijk gehouden.

    ” Ik sluit dus ook de mogelijkheid niet uit dat het in alle gevallen gaat om contaminatie, maar ik heb daar vooralsnog geen diagnostische argumenten voor gezien.”
    Dan moet je beter lezen en beter bekend zijn met de materie.

  13. Radagast redeneert:
    1 er is een halfwaardetijd voor DNA
    2 er is DNA gevonden dat veel ouder moet zijn volgens standaarddatering dan zou kunnen volgens die halfwaarde tijd
    3 dus de standaarddateringen kloppen niet.
    Dan heb je:
    Ad 1 : er is geen halfwaardetijd voor DNA. De vervalsnelheid van DNA hangt af van organisme en omgeving.
    Ad 2: alle voorbeelden van DNA dat ‘te oud’ zou zijn door combinatie van standaarddatering en de snelheid die Radagast voor afbraak van DNA aanhoudt bleken onhoudbaar
    Ad 3: geen conclusie.
    Ik hoop dat Radagst het hiermee eens is.

    De standaarddateringen zijn dermate goed onderbouwd dat geen enkel aDNA, ook niet als een gerespecteerde onderzoeker als Schweitzer dat vindt, aanleiding geeft de dateringen te herzien. De datering van aDNA is die van de aardlaag waarin het fossiel gevonden wordt. Voor een Triceratops uit de Hell Creek formation is dat 66 Ma, bv.

  14. Dat betekent dat alle verwijzingen van Radagast ongeldig zijn. Radagast, waar haal je je informative vandaan? Waarom denk je dat je informatie betrouwbaar is?

  15. Radagast:
    De enige modelijkheid is contaminatie. Al je genoemde gevallen zijn vroege probeersels, voordat men wist hoe gevoelig PCR is.
    En nee, de redenering is niet
    “Je krijgt dan zoiets als: “Als het scheppingsmodel waar is, dan zou je aDNA moeten vinden in oude fossielen, maar als het eenmaal zo ver is, dan zeg ik dat het contaminatie is.”
    Ten eerste, omdat contaminatie het gevolg is van onzorgvuldigheid in de methode in tijden dat men nog geen adequate labfaciliteiten voor aDNA had – al je voorbeelden zijn ouder datn 10 jaar – , en ten tweede, omdat NIEMAND in zijn onderzoek ooit rekening houd met het ‘scheppingsmodel’. Dat wordt algemeen voor volslagen verwaarloosbaar achterlijk gehouden.

    ” Ik sluit dus ook de mogelijkheid niet uit dat het in alle gevallen gaat om contaminatie, maar ik heb daar vooralsnog geen diagnostische argumenten voor gezien.”
    Dan moet je beter lezen.

  16. Schweitzer et al in Bone Volume 52, Issue 1, January 2013, Pages 414–423 zegt ook iets over DNA half-life, nl dat er te snel geconcludeerd is dat ~ 521 jaar algemeen geldig is.
    “Note added in proof
    A recent paper by Allentoft et al. (2012) hypothesizes a half-life for DNA of ~ 521 years in an optimal depositional environment, suggesting that DNA should be degraded to single bases by a little under 7 million years, even though they also state that “considerable sample-to-sample variance in DNA preservation could not be accounted for by geologic age”. Their half-life estimate was based upon extrapolations of data taken from > 150 relatively recent Holocene bones (less than 10,000 years old). Fossils older than this were not examined for DNA. All of our assays require at least 4 or more bases to generate reactivity, particularly with the intercalating stains. While ultimately, sequence data is required to verify the endogeneity of this material, it is unlikely that four independent assays, each capitalizing on different aspects of the chemistry of DNA, would show identical patterns of localization interior to these cellular structures, and different from antibodies to various proteins. Therefore we suggest more rigorous testing of extrapolation models on actual fossil material from older specimens. Additionally we have found that chemical reactions interfere with analyses of DNA and proteins and should be taken into account before assigning a definitive half-life.

    Dat is uit het artikel dat de DNA-specifieke kleuringen op DNA in dino-bot geeft. Daar staat ook: “These data are not sufficient to support the claim that DNA visualized in these cells is dinosaurian in origin; only sequence data can testify to its source. However, these data suggest that affinity purification using antibodies may provide a means of recovering and concentrating sufficient amounts of DNA to be useful for next generation genomic sequencing. Because only about 15%–20% of cells from the dinosaurs reacted positively, and because reactivity that was observed was minimal relative to extant cells, there may be insufficient DNA present to validate its origin by current sequencing technology.”
    Dat was 2013. Nu is het 2016, dus nog even wachten.
    De dino’s waren “MOR 1125 (Tyrannosaurus rex) was recovered from the base of the Hell Creek Formation in Eastern Montana. … . MOR 2598 (Brachylophosaurus canadensis) is represented by an articulated hindlimb, recovered from Judith River sediments in Northern Montana”, dus de datering is 66Ma voor de Hell Creek formation T. rex en 80-75 Ma voor de Judith River formation. De datering blijft staan onafhankelijk wat er ook gevonden wordt aan restanten chemische stoffen in de botten. Wat Schweitzer aantoont is dat fossilisatie anders verloopt dan eerder gedacht.

  17. Beste Peter,
    Zo te zien heb je je beperkt tot herhalen van je standpunten. Je schrijft bijvoorbeeld:

    “De enige modelijkheid is contaminatie. Al je genoemde gevallen zijn vroege probeersels, voordat men wist hoe gevoelig PCR is.”

    Laat ik beginnen met zeggen dat er op zijn minst één artikel uit 2004 is, met daarin de conclusie:

    “Thus, because the fossil sequence differs from all other sequences of Lauraceae reported to date, contamination seems highly unlikely.”
    http://www.amjbot.org/content/91/4/615.full.pdf

    Ik ben het met je eens dat er in de beginjaren van het gebruik van een apparaat wel eens fouten gemaakt worden. Maar heb je dan ook voorbeelden van andere fouten die in die tijd met de PCR gemaakt warden? Heb je artikelen waarin wetenschappers zeggen: ‘PCR-resultaten van voor jaartal x zijn onbetrouwbaar”? Als dat zo is, geloof ik je natuurlijk, maar dan moet je wel met onderbouwing komen. Als ik bijvoorbeeld op ‘sensitivity of pcr’ zoek, krijg ik 875 artikelen uit 1993 of eerder. Er werd dus wel degelijk onderzoek naar gedaan.

    ten tweede, omdat NIEMAND in zijn onderzoek ooit rekening houd met het ‘scheppingsmodel’. Dat wordt algemeen voor volslagen verwaarloosbaar achterlijk gehouden.

    Beste Peter, ik was hier me René aan het discussiëren. En René zit hier zijn verwachtingen over het scheppingsmodel uit te spreken. Daar zijn we mee bezig.

    Dan moet je beter lezen en beter bekend zijn met de materie.

    Een dooddoener noem je dat. Ik heb zelf ook met de PCR gewerkt, hoewel ik me daarin geen expert zou durven noemen. Verder heb ik deze discussie al veel vaker gevoerd, dus op zich ben ik redelijk bekend met de materie.

    Radagast redeneert:
    1 er is een halfwaardetijd voor DNA
    2 er is DNA gevonden dat veel ouder moet zijn volgens standaarddatering dan zou kunnen volgens die halfwaarde tijd
    3 dus de standaarddateringen kloppen niet.
    Dan heb je:
    Ad 1 : er is geen halfwaardetijd voor DNA. De vervalsnelheid van DNA hangt af van organisme en omgeving.
    Ad 2: alle voorbeelden van DNA dat ‘te oud’ zou zijn door combinatie van standaarddatering en de snelheid die Radagast voor afbraak van DNA aanhoudt bleken onhoudbaar
    Ad 3: geen conclusie.
    Ik hoop dat Radagst het hiermee eens is.

    Nee, natuurlijk ben ik het daar niet mee eens. Allereerst redeneer ik niet zo. Ik zal je nog één keer de geschiedenis van deze discussie uitleggen:
    1. Duff en Fransen: als het scheppingsmodel klopt, zou je DNA in oude fossielen moeten vinden.
    2. Ik: er is DNA in oude fossielen gevonden en dit hoeft niet per se het resultaat te zijn van contaminatie. Conclusie: het scheppingsmodel heft geen probleem met de waarnemingen.
    Ad 1: Ik zal het nog maar eens herhalen: onder de meest ideale conserveringsomstandigheden (de meest ideale dus, er bestaat dus geen idealere) is de levensduur van DNA 6,8 miljoen jaar.
    Ad 2: Peter doet zich af met citaten van papers die niet inhoudelijk op de materie ingaan, behalve bij de meelworm, waarbij het enige argument voor contaminatie een oude aarde was.

    Dan wil ik graag nu van Peter onderbouwde redenen waarom er sprake zou zijn van contaminatie in de volgende drie gevallen. Als hij daar redenen voor heeft, dan is dat prima, maar tot nu toe heb ik ze nog niet gehoord en niet gevonden.

    1. Rigorous surface decontamination of the amber and aseptic procedures were used during the
    recovery of the bacterium. Several lines of evidence indicated that the isolated bacterium was of ancient origin and not an extant contaminant.
    (…)
    To test for contamination from the reagents, we also inoculated TSB with iCC-,ul samples of the solutions used in the sterilization process and with pieces from the exterior or interior of the amber. The TSB was incubated aerobically for 2 weeks at 35°C. No bacteria were isolated from any of these TSB tubes. To test for environmental contaminants, we exposed three petri plates of tryptic soy agar (TSA) in the hood throughout the entire tissue removal process (approximately 15 min). At the end of the procedure, the plate lids were replaced and the plates were incubated at 35°C for 2 weeks. No contamination was detected on these TSA plates.
    (…)
    Furthermore, process validation studies showed that the chemically sterilized surface of the amber and the environmental controls were repeatedly negative for bacterial contamination. As the room and the hood therein were only used for the extraction of ancient materials and never modern material, the probability that the BCA16 isolate is an environmentalc ontaminantw as further diminished.
    https://www.researchgate.net/publication/15659812_Revival_and_identification_of_bacterial_spores_in_25-40_million_year_old_Dominican_Amber_Science

    2. Het DNA van de uitgestorven plant Hymenaea protera vertoonde de meeste overeenkomst met andere Hymenaeasoorten. Er staat:

    “We obtained high similarity scores with all rbcL sequences present in the database, with the highest scores corresponding to those sequences from taxa in the family Fabaceae. Even higher scores were obtained by comparing the extant Hymenaea spp. with each other and with the extinct H. protera. Thus we conclude that the amplified product resulting from extracted H. protera was indeed from the rbcL gene.”

    Als het hier om contaminatie zou gaan, zou dat dus afkomstig moeten zijn van een andere Hymenaea die toevallig bij een stuk barnsteen groeide dat een miljoenen Jaren oude Hymenaea bevatte.
    http://www.nature.com/nature/journal/v363/n6431/abs/363677a0.html

    3. “Amplified DNA of the expected size was obtained from the fossil DNA with each primer pair used. As bacterial DNA either does not amplify with eukaryotic primers or gives fragments of a different size, our results support the hypothesis that the amplified DNA was of eukaryotic origin.
    (…)
    An even higher score was obtained when the nemonychid weevil sequence was compared with those obtained from the extant weevils L. pinicola and H. brunneipennis. Significantly lower scores were seen with human and bacterial small RNA, showing that the amplified DNA was of insect origin, and probably from curculionid inscect origin.
    (…)
    These data are further evidence that the extracted DNA is from the extinct weevil rather than from contamination.
    (…)
    On the basis of these results, it can be inferred that the 315- and 226-base-pair fragments of small rDNA reported here originate from DNA extracted from the extinct weevil’s tissue and not from contaminant DNA.”

    http://www.nature.com/nature/journal/v363/n6429/abs/363536a0.html

    Het artikel relativeert alleen de gegevens en werpt er op tegen dat de evolutie van de korenworm gedurende 120 miljoen jaar stil moet hebben gestaan.

    Op het commentaar op de halfwaardetijd kom ik later uitgebreider terug. Je kunt wel begrijpen dat de enorme snelheid waarmee jij reageert zorgt voor tijdproblemen bij mij. 😉

  18. @Student-Radagast, kun je binnen het jonge aarde model het verschil in DNA integriteit tussen verschillende monsters (zoals in de tabel van Duff) verklaren? En het feit dat er in dinosaurusfossielen nooit bruikbaar DNA is aangetroffen, terwijl we van bijvoorbeeld de Neanderthaler het complete genoom hebben?

  19. @René,
    In het AiG-model dat jij presenteert alsof alle creationisten daarachter staan, wordt het misschien enigszins lastig. Ikzelf denk dat de zondvloed 10.000+ jaar geleden was en de aardlagen van het Cambrium t/m het Carboon heeft afgezet. De geologische periodes daarna zijn in chronologische volgorde verlopen. Dus de reden van verschil in integriteit: de ouderdom verschilt. Overigens staat die tabel helemaal op zijn kop als je het complete genoom van een 700.000 jaar oud paard erbij zet: http://www.sciencemag.org/news/2013/06/700000-year-old-horse-becomes-oldest-creature-sequenced-genome/.

  20. ”2. Ik: er is DNA in oude fossielen gevonden en dit hoeft niet per se het resultaat te zijn van contaminatie. Conclusie: het scheppingsmodel heeft geen probleem met de waarnemingen.”
    Hier zijn twee problemen: a is er DNA in oude fossielen gevonden; b wat heeft dat voor gevolgen voor het scheppingsmodel.
    A
    Alle aDNA werk van voordat de standaard werd vastgesteld omstreeks 2000 kan verwaarloosd worden. Het voldoet niet aan de standaard. Nadat de standaard bekend werd is er alleen dat stuk dat je noemt uit 2004,waarvan niemand de moeite heeft genomen het verder uit te zoeken. Het topic is dood. Er is geen nieuw werk hierover te vinden. Het paard DNA van 700 000 jaar is het oudste dat betrouwbaar lijkt. De ouderdom is niet op grond van het DNA aar met een onafhankelijke datering vastgesteld. Dat is de procedure: onafhankelijk dateren, dan aDNA.
    Dus, Radagast, het is volkomen overbodig om van geval te bekijken wat er precies gedaan is, en nonsensicaal om dat te willen. Het werk voldoet niet aan de standaard voor de procedure van aDNA, en datis dat. Er zijn voldoende gevallen bekend van fouten in aDNA die voor meer zorvuldigheid dan eerst gedaan werd pleiten.
    “Maar heb je dan ook voorbeelden van andere fouten die in die tijd met de PCR gemaakt warden? Heb je artikelen waarin wetenschappers zeggen: ‘PCR-resultaten van voor jaartal x zijn onbetrouwbaar”?
    Men heeft zich al vroeg gerealiseerd dat PCR contaminatiegevoelig is. Zie N. Arnheim, 1992. Polymerase Chan Reaction Strategy. Annu. Rev. Biochem. 1992. 61:131-56 waarin staat:
    “Contamination of sample tubes by PCR product derived from earlier experiments can cause serious problems. Amplified DNA from a single sample can contain several picomoles of PCR product. Even one millionth of that product could have disastrous consequences if it contaminated a I-microgram sample of genomic DNA containing 300,000 copies of a unique sequence. When carrying out PCR experiments, aerosol formation and other possibilities of contamination must be minimized. Physically separating the areas in the laboratory where PCR reactions are set up from those where the PCR products are analyzed can be of significant help. A set of pipettes that are dedicated to setting up PCR reactions is also warranted. Reagent solutions should be aliquoted. Micropipette tips with built-in filters can also be useful. A number of other precautions in the technical aspects of carrying out PCR are discussed in Kwok & Higuchi (39).”
    B
    Je verwacht bij een scheppingsmodel zelfs als de zondvloed omstreeks 10 000 jaar geleden is, dat je alle DNA uit alle botten met gelijk gemak kunt sequencen. Dan is alle DNA namelijk even oud. Dan is er geen enkel bot versteend, want botten van 10 000 jaar zijn nog steeds bot. Het scheppingsmodel maakt noodzakelijk dat er geen versteende fossielen zijn en dat je alle ‘fossielen’ met gelijk gemak sequenced

  21. “Ikzelf denk dat de zondvloed 10.000+ jaar geleden was en de aardlagen van het Cambrium t/m het Carboon heeft afgezet. De geologische periodes daarna zijn in chronologische volgorde verlopen”
    Dan kun je geen ‘basistype is omstreeks familie’ voor de zoogdieren op de Ark van Noach hanteren.

  22. ‘sensitivity pcr’
    Ik krijg 1350 artikelen van 1989 – 1993 bij zoeken op ‘sensitivity pcr, en 86 artikelen uit 1989-1993 bij zoeken op ‘sensitivity pcr contamination’. Het oudste daarvan is Kwok & Higuchi, 1989, Avoiding false positives with PCR. Nature 339: 237-238. Het abstract is: The exquisite sensitivity of the polymerase chain reaction means DNA contamination can ruin an entire experiment. Tidiness and adherence to a strict set of protocols can avoid disaster. Dus toen kwam het protocol er al.

  23. In de paleontologie / evolutiebiologie is er geen voorspelling hoe lang DNA er over doet om volledig te desintegreren. Dat moet blijken uit de gegevens, nl de vastgestelde leeftijd van bot en wat er aan DNA uit te peuteren valt. Twintig /vijfentwintg jaar geleden leek het erop dat DNA uit barnsteen te isoleren viel. Leuk! Fun! ‘A dream come true’. (http://www.eva.mpg.de/documents/Elsevier/P%C3%A4%C3%A4bo_Miocene_CurrBiol_1991_2110550.pdf) Maar de methode klopte niet, die artikelen zijn dus achterhaald. Jammer dan. Niet aan vasthouden. Move on.

    Jonge-aarde-creationisten, waarvoor alle fossielen jong moeten zijn, zouden DNA in alle fossielen moeten verwachten; alle beesten uit de zondvloed zouden als bot en alleen bot, geen steen, gevonden moeten worden. Tegenwoordig is 4000 jaar een standaardbepaling voor aDNA, en 10000 jaar ook. Neanderthal aDNA is 40000 jaar of meer. Misschien zou het Logos Instituut een dedicated lab voor aDNA kunnen oprichten? Je hebt er een speciaal lab voor nodig, nog sterieler dan voor een MRSA bacterie. Zo’n lab kost wel wat, maar nog altijd minder dan een Ark van Johan Huibers of Ken Ham.

  24. Dit is de laatste reactie van mijn kant over aDNA. Ik laat graag het laatste woord over aan Peter. Toch wil ik nog graag op de laatste reacties van Peter reageren.

    “Alle aDNA werk van voordat de standaard werd vastgesteld omstreeks 2000 kan verwaarloosd worden. Het voldoet niet aan de standaard.”

    Dat is helemaal niet waar. Het feit dat ze van voor de standaard zijn, impliceert dat er een grotere onzekerheidsfactor is. Maar zeggen ‘dus het is contaminatie’ is niet gerechtvaardigd.

    “Nadat de standaard bekend werd is er alleen dat stuk dat je noemt uit 2004, waarvan niemand de moeite heeft genomen het verder uit te zoeken. Het topic is dood. Er is geen nieuw werk hierover te vinden.”

    Dat het niemand interesseert, zegt dat iets over de geldigheid van eerdere vondsten? Dat niemand zich over het onderzoek van 2004 boog, zegt dat dat dat onderzoek niet klopte?

    “Het paard DNA van 700 000 jaar is het oudste dat betrouwbaar lijkt. De ouderdom is niet op grond van het DNA aar met een onafhankelijke datering vastgesteld. Dat is de procedure: onafhankelijk dateren, dan aDNA.”

    Dat zal ongetwijfeld de procedure zijn. Heb ik beweerd dat de procedure anders verloopt?

    “Men heeft zich al vroeg gerealiseerd dat PCR contaminatiegevoelig is.
    (…)
    ‘sensitivity pcr’
    Ik krijg 1350 artikelen van 1989 – 1993 bij zoeken op ‘sensitivity pcr, en 86 artikelen uit 1989-1993 bij zoeken op ‘sensitivity pcr contamination’. Het oudste daarvan is Kwok & Higuchi, 1989, Avoiding false positives with PCR. Nature 339: 237-238. Het abstract is: The exquisite sensitivity of the polymerase chain reaction means DNA contamination can ruin an entire experiment. Tidiness and adherence to a strict set of protocols can avoid disaster. Dus toen kwam het protocol er al.”

    Van voor de aDNA-vondsten! Dat betekent dat die vondsten stijgen in betrouwbaarheid, omdat men toen al wist dat PCR gevoelig was en daar rekening mee kon houden.

    “Je verwacht bij een scheppingsmodel zelfs als de zondvloed omstreeks 10 000 jaar geleden is, dat je alle DNA uit alle botten met gelijk gemak kunt sequencen. Dan is alle DNA namelijk even oud. Dan is er geen enkel bot versteend, want botten van 10 000 jaar zijn nog steeds bot. Het scheppingsmodel maakt noodzakelijk dat er geen versteende fossielen zijn en dat je alle ‘fossielen’ met gelijk gemak sequence[t.]”

    Dus nu ga je er vanuit dat ik denk dat alle fossielen tijdens de zondvloed zijn gevormd. Ook dat denk ik niet. Ik ben nog steeds geen lid van Answers in Genesis. Voor de rest zou ik meer onderbouwing willen zien dan een paar losse uitspraken. Geldt ook voor je reactie daarna.

    “In de paleontologie / evolutiebiologie is er geen voorspelling hoe lang DNA er over doet om volledig te desintegreren.”

    Hier neem ik ook bij:

    “Schweitzer et al in Bone Volume 52, Issue 1, January 2013, Pages 414–423 zegt ook iets over DNA half-life, nl dat er te snel geconcludeerd is dat ~ 521 jaar algemeen geldig is.”

    Voordat de halfwaardetijd van DNA was gemeten, ging men ervan uit dat de maximumleeftijd van DNA 1 miljoen jaar was.

    “However, to the best of our understanding, to consider amplification of DNA molecules older than one million years of age is overly optimistic.” (Hoftreiter et al. 2001)

    Toen kwamen Allentoft et al. Zij perkten de maximale leeftijd van DNA dus niet in, ze maakten deze zeven keer langer. En ik zal het nog een keer herhalen: die 6,8 miljoen jaar is onder onrealistische ideale omstandigheden. Niet in een dinobot van een dino die in sedimenten is begraven in een tijd dat het zeker geen -5 graden was, maar er een subtropisch klimaat heerste. Vervolgens heeft dat bot gedurende miljoenen jaren temperatuurwisselingen ondergaan: van warme periodes naar ijstijden en weer terug. De 6,8 miljoen jaar van Allentoft onder ideale omstandigheden is hier helemaal niet mogelijk. Dus om dat maximum even te vertienvoudigen omdat de waarnemingen niet overeenkomen met de verwachtingen (iedereen riep dat er nooit dino-DNA zou worden gevonden), is niet gerechtvaardigd.

    Als laatste zou ik je nog willen vragen waarom jij denkt dat het uitgesloten is dat het om intrinsiek DNA gaat in de studies die ik aanhaalde. Nu is aangetoond dat er DNA aanwezig was in een bot van 65 miljoen jaar oud, nu er een studie is uit 2004 van Mioceen DNA, waarom kunnen die oudere studies dan niet ook waar zijn?

    En ten slotte heb je niet gereageerd op de drie voorbeelden die ik gaf over de voorzichtigheid waarmee te werk is gegaan. Ik laat het hierbij. Ik heb niet het idee dat de discussie verder komt.

  25. “Datgene wat we weten over de pollen en de Roraimaformatie, is een probleem voor het evolutiemodel.”

    Dat zou het zijn geweest als die formatie echt ondoordringbaar was geweest en daar lijkt het dus niet op.

  26. Ook Silvestru roert dit niet aan in het artikel waar naar verwezen wordt. Het stuk op Creation.com eindigt met een suggestief stukje:

    “It may well be that any serious investigation would unavoidably harm one or more areas of established geology and hydrogeology, and that is something that should be avoided at any cost.”

    Dat is niet echt een overtuigende uitspraak.

    Correctie: het is een teken van paranoia. Het zou je niet moeten verbazen als je het leest van en fanaticus die in Satan gelooft. Het zou je niet moeten verbazen van creationisten uit wier rangen mensen komen die een film als ‘Expelled’ maken.

  27. Radagast: “Waarom lijkt het daar niet op?”

    Antwoord: omdat bronnen als rationalwiki en Henke de zaak wat gedegener beschrijven dan jij deed in je artikel voor het Logos Instituut.

    http://rationalwiki.org/wiki/Roraima_pollen_paradox

    “Although the scientists attempted to avoid getting contaminated samples, it’s likely that they simply failed, for several reasons. First, the extreme metamorphosis of the rocks may have created cracks that allowed pollen to travel further into the rock, away from the bedding panes. Second, from the graded bedding[wp] in figure 2, it’s apparent that the bedding planes are present at a sub-millimeter scale and thus ultimately unavoidable.”

    Henke:
    “Although a rock may appear or “sound” impermeable on a macroscopic scale, it may contain microscopic fractures and openings that allow for the inclusion of pollen and spores. Even seemingly impermeable and unfractured metamorphic and igneous rocks commonly have very low, but measurable permeabilities of 10-13 – 10-16 square centimeters (cm2) or lower (Freeze and Cherry 1979, p. 29). Thin-section and other microscopic examinations of any pollen- and spore-bearing hornfels are required to determine if the pollen and spores are located in the matrix of the rocks or concentrated in fractures and other microscopic openings as T. van der Hammen in Stainforth (1966) concluded.”

    In het algemeen kunnen we zeggen dat jij vaak vitale informatie weglaat, in een verkeerd verband te zet en ongenuanceerde conclusies trekt.

  28. Dag Ed,
    Dank je voor de complimenten. Ik wist al eerder dat jij meer van schelden houdt dan van een inhoudelijke discussie, zo ook hier.
    In de eerste niet-dikgedrukte zin verwijs ik naar de twee artikelen die jij noemt, die ik dan ook grondig bestudeerd heb. Ik bespreek zowel de contaminatie-van-bovenafhypothese van Henke (inclusief jouw citaat) als de contaminatie-van-zijwaartshypothese van Leon van den Berg.

  29. Jouw artikel ontbeert inhoud. De uitwerking, de nuancering, de details die een echte wetenschapper zouden kenmerken ontbreken. Je doet alsof je bronnen grondig bestudeert maar wezenlijk haal je er alleen uit wat je van pas komt en plaatst die informatie zeer misleidend in een paar zinnen waarmee je vraagtekens meent te kunnen plaatsen, met name bij de argumenten voor contaminatie.
    Wat voorbeelden:

    Je schrijft:
    “Zoals al gezegd werden de pollen alleen een mix geacht door Van der Hammen. De andere palynologen schreven de pollen unaniem toe aan het Tertiair.”

    De retorische boodschap is duidelijk: de mix van verschillende leeftijden is er niet, dus tot ziens argument voor contaminatie.

    Dit is echter wat er staat:
    “However, considering that the different experts interviewed by Stainforth (1966) dated the pollen and spores anywhere from Mesozoic to Pliocene and that the Roraima Supergroup was only uplifted and exposed to near-surface groundwater in the last 110 million years (late Early Cretaceous) or so (Mecchia et al. 2014, p. 118), a mixture of pollen and spore contaminants of different Mesozoic to Tertiary ages would be expected.”

    Je schrijft:
    “Het is dan gerechtvaardigd om deze vondst te vergelijken met de zeer goed bewaarde pollen die Bernard et al.22 beschrijven.”

    Dit is wat er staat:
    “Silvestru and Wieland (2011) also mention that Bernard et al. (2007) found “remarkably preserved” fossil spores in high-grade metamorphic rocks from the French Alps.  However, Silvestru and Wieland (2011) do not mention the metamorphic temperatures were relatively cool. “

    Je schrijft:
    “Overigens is het niet waar dat er alleen pollen werden aangetroffen. Stainforth 1964 schrijft over ‘grains and tissue fragments’.”
    De bedoeling hiervan is om te suggereren dat er ook complete planten zijn gevonden alsof ze in het precambrium groeiden.

    Dit is echter wat er staat:
    “Grains and tissue fragments up to 150 microns in size are present, and are considered too big to have been carried by meteoric waters percolating through cracks”

    Je schrijft:
    “De afwezigheid van klei23 maakt de kans op inspoeling klein.”
    Dit is wat er staat:

    “Although Stainforth (1966) indicates that no clay minerals were detected by X-ray diffraction in the hornfels, it’s likely that the bedding planes had been removed from the samples before these analyses.
    Unfortunately, Stainforth (1966) does not state how the “limonite” was identified, distinguished from goethite and other iron oxyhydroxide minerals and whether any characterization methods were extensive enough to determine if clay or other minerals were absent from the “limonite” on the bedding planes”

    Je hebt het over schelden? Dat hoef ik niet te doen om duidelijk te maken dat jij in jouw artikel bedenkelijke tactieken gebruikt.
    Mijn reactie past goed in dit onderwerp en ik meen dat er niet genoeg aandacht kan worden besteed aan het trieste feit dat het Logos Instituut zich systematisch bedient van dit soort misleidingen en andere leugens.

  30. Beste Ed,
    Ik vind het altijd jammer als ik een discussie moet voeren met iemand die zich superieur opstelt, met iemand die doet alsof hij de leermeester is en jij de leerling die met de gegevens hebt lopen rommelen. Laten we daarom beschuldigingen achterwege laten en gewoon op normale manier discussie voeren.

    Ik mag je wel feliciteren, je bent de eerste die iets zinnigs over mijn artikel zegt. Ik zal er daarom op reageren.

    “Je schrijft:
    “Zoals al gezegd werden de pollen alleen een mix geacht door Van der Hammen. De andere palynologen schreven de pollen unaniem toe aan het Tertiair.”

    De retorische boodschap is duidelijk: de mix van verschillende leeftijden is er niet, dus tot ziens argument voor contaminatie.

    Dit is echter wat er staat:
    “However, considering that the different experts interviewed by Stainforth (1966) dated the pollen and spores anywhere from Mesozoic to Pliocene and that the Roraima Supergroup was only uplifted and exposed to near-surface groundwater in the last 110 million years (late Early Cretaceous) or so (Mecchia et al. 2014, p. 118), a mixture of pollen and spore contaminants of different Mesozoic to Tertiary ages would be expected.””

    Ik denk dat je hier iets uit Henke citeert? Dit is echter wat in Stainforth 1966 staat:

    ” The first opinion of Fournier was that the
    pollen showed Cretaceous affinities, but closer study has led
    to preference for a Tertiary age, L. Nijssen regards the best
    assemblage, from a Paruima sample, as not older than Eocene
    and quite possibly post-Eocene. J.W. Funkhouser (Bogotá)
    considers the pollen indigenous to the samples he processed but
    claims an age no older than Miocene, and probably younger.”

    Laten we hier dus concluderen dat ik de primaire bron heb gebruikt en jij de secundaire bron.

    “Je schrijft:
    “Het is dan gerechtvaardigd om deze vondst te vergelijken met de zeer goed bewaarde pollen die Bernard et al.22 beschrijven.”

    Dit is wat er staat:
    “Silvestru and Wieland (2011) also mention that Bernard et al. (2007) found “remarkably preserved” fossil spores in high-grade metamorphic rocks from the French Alps. However, Silvestru and Wieland (2011) do not mention the metamorphic temperatures were relatively cool. “”

    Als je de twee zinnen voor de geciteerde zin ook leest, zul je de oplossing ontdekken.

    “Je schrijft:
    “Overigens is het niet waar dat er alleen pollen werden aangetroffen. Stainforth 1964 schrijft over ‘grains and tissue fragments’.”
    De bedoeling hiervan is om te suggereren dat er ook complete planten zijn gevonden alsof ze in het precambrium groeiden.

    Dit is echter wat er staat:
    “Grains and tissue fragments up to 150 microns in size are present, and are considered too big to have been carried by meteoric waters percolating through cracks””

    Je weet dus wat mijn bedoelingen zijn en wat ik wil suggereren? Ik kan je vertellen: het is allebei fout. Ik heb hier niets uit zijn verband gerukt of iets dergelijks.

    “Je schrijft:
    “De afwezigheid van klei23 maakt de kans op inspoeling klein.”
    Dit is wat er staat:

    “Although Stainforth (1966) indicates that no clay minerals were detected by X-ray diffraction in the hornfels, it’s likely that the bedding planes had been removed from the samples before these analyses.
    Unfortunately, Stainforth (1966) does not state how the “limonite” was identified, distinguished from goethite and other iron oxyhydroxide minerals and whether any characterization methods were extensive enough to determine if clay or other minerals were absent from the “limonite” on the bedding planes””

    Ik kan echt niet inzien hoe dit zou weerleggen of wat dan ook van wat ik heb gezegd.

  31. Beste Radagast,

    Je kronkelt en draait op zo’n natuurlijke wijze dat ik er bijna bewondering voor krijg. Je hoort echt thuis op de site van het Logos Instituut.
    Ik denk dat bij de huidige stand van zaken alleen Jan van Meerten daar nog erger is. Maar wie weet zul je ook hem op een dag overtreffen.

    Ik had het ook wat eerlijker en dus zelfs onvriendelijk kunnen stellen, maar ik vrees dat René daar niet goed tegen kan.

    Ed

  32. Beste Ed,
    Dergelijke openlijke beledigingen vragen natuurlijk wat meer onderbouwing. Zou je een voorbeeld kunnen geven van een natuurlijke kronkel of draai van mij? Als je mij met de neus op de feiten drukt, zou ik misschien wel eens over mijn cognitieve dissonantie heen kunnen stappen en toe kunnen geven.
    Groetjes,
    Radagast

  33. Beste Radegast,

    Je schrijft “de contaminatie-van-zijwaartshypothese van Leon van den Berg”. Ik kan me niet herinneren dat ik dat gezegd heb. Wat ik gezegd heb volgens mij is dat pollen heel goed geïnfiltreerd kunnen zijn via allerlei splijt- en laagvlakken. Dat kan van opzij en van boven.

    Laten we even een paar feiten op een rijtje zetten: 1. Er is een uitstekend argument om aan te nemen dat het om vervuiling gaat : na goed schoonmaken waren de pollen verdwenen 2. Als ik op “sciencedirect.com” zoek naar “pollen” in topic of keywords dan zijn er de laatste 10 jaar 815 artikelen verschenen in “paleo-” tijdschriften, ruim elke week één. 3 Het laatste wetenschappelijke artikel over de “Roraima-pollen” dateert van 1966.

    Er wordt dus (ruim) aandacht aan paleo-pollen besteed maar niemand, geen enkele regulier geoloog noch creationist heeft sinds 1966 onderzoek aan deze vermeende pollen in de Roraima formatie gedaan, terwijl het toch heel sensationeel zou zijn.

    Dus ik heb twee vragen aan jou 1. Waarom denk jij dat niemand meer onderzoek aan die Roraima-pollen gedaan heeft en 2. Waarom denk jij dat Logos dit publiceert?

  34. Beste Leon,
    Ik heb de tweede theorie ‘jouw’ theorie genoemd, omdat Henke het daar niet over heeft. Jij bent dus de eerste die daarmee kwam.

    Ik zal even enkele dingen citeren uit mijn artikel:

    Vanwege deze onduidelijkheid vind ik het niet geoorloofd om conclusies te trekken en de pollen als argument tegen de evolutietheorie dan wel de geologische kolom te gebruiken. Toch kunnen we wel kijken welke van de twee verklaringen (de creationistische of evolutionistische) op dit moment het waarschijnlijkst is. (…) Ik wil nogmaals benadrukken dat de pollen in Roraima beter niet als argument tegen de evolutietheorie of de geologische kolom gebruikt kunnen worden. Op dit moment spreekt wat wij weten voor autochtone pollen in Precambrisch gesteente, maar een gedegener onderzoek dan wat er nu gebeurd is kan een totaal ander licht hierop werpen.

    Dan een reactie op jouw vragen:
    1. Dat weet ik echt niet. Silvestru ziet er geloof ik een conspiracy in. Ik houd helemaal niet van zulk soort verdachtmakingen. Dus ik houd het op: ik weet het niet.
    2. Omdat ik het artikel naar Logos heb gestuurd, denk ik.

  35. Beste Radegast.

    Jouw antwoord op vraag 1 is : “Ik weet het niet”. Al 50 jaar wordt er door niemand meer aandacht aan de “Roraima-pollen” besteed ! Kan dat antwoord jou bevredigen? Is dit geen moment voor jou om grote vragen te stellen bij creationistische artikelen ?

    Mijn vraag 2 was bedoeld voor het eerste artikel van Logos. Dus ik herhaal mijn vraag :Waarom denk jij dat Logos dit publiceert ?

  36. @Radagas, nog even terugkomend op de pollen (was een paar daagjes op de camping zonder wifi 🙂 )
    Ik gaf als leeswijzer onder mijn blog dit mee:
    1) In hoeverre is een rare observatie te verklaren binnen het reguliere model?
    2) Welke vragen roept de verklaring binnen het jonge aarde model op?

    Als we dit toepassen op de pollen, dan is de ‘rare observatie’ te verklaren door contaminatie. Tel daarbij op dat er geen recente beschrijvingen zijn van de pollen, plus de totale afwezigheid van fossiele bloeiende planten in dezelfde lagen, dan dringt zich de conclusie op dat we het (tamelijk oude) artikel over precambrische pollen als niet-reproduceerbare anomalie mogen duiden.

    Wat betreft het jonge aarde model, je stelt zelf geen idee te hebben hoe dit de pollen kan verklaren, behalve dan dat je verwacht dat bloeiende planten sinds de schepping aanwezig waren. Dat is echter geen wetenschappelijke onderbouwing van je model. De wetenschappelijke steun voor een model waarin bloeiende planten al sinds de schepping aanwezig zijn is de facto afwezig. Daarmee kun je beide modellen vergelijken:

    Het evolutionaire model wordt ondersteund door kilometers afzetting zonder fossiele bloeiende planten, door genetische datering van ontstaan van bloeiende planten en nog zo wat. En de beschreven precambrische pollen zouden zeer wel een vervuiling kunnen zijn.

    Het scheppingsmodel heeft alleen de pollen.

    Daarmee staat het evolutionaire model m.i. nogal op voorsprong.

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *

Deze website gebruikt Akismet om spam te verminderen. Bekijk hoe je reactie-gegevens worden verwerkt.