Craig Venter strikes again (update II)

gibson2

(Update 21/5: mijn opinie stuk staat op de site van het ND, zie link hieronder. Link naar Science is bijgewerkt, nieuwe links worden onderaan toegevoegd.)

Hij had het al een tijdje aangekondigd en de vingeroefeningen waren al gepubliceerd. Craig Venter heeft een kunstmatig genoom gemaakt en dat in een bacterie gestopt. Het artikel verschijnt vrijdag 21 mei in Science. (NB: ik tik dit stuk voor het verlopen van het embargo, dus ik kan niet direct alle links in dit stuk zetten, die heb ik nog niet.) De hamvraag: is dit nu synthetisch leven? Daarover heb ik voor vrijdag een stuk geschreven dat te vinden is op de site van het Nederlands Dagblad.
Even kort wat Venter gedaan heeft: hij haalde uit een database de genoom-beschrijving van Mycoplasma mycoides. Dat zijn dik een miljoen A’s, T’s, G’s en C’s. Die maakte hij vervolgens met behulp van een DNA-assemblage machine. Zo’n apparaat kan alleen stukjes van een paar duizend basen synthetiseren, dus er waren een paar tussenstappen in gist nodig om de korte fragmenten aan elkaar te knutselen. Technisch gezien is dit absoluut een hoogstandje!

Vervolgens haalde Venter het DNA uit een Mycoplasma capricolum cel, en plaatste er zijn eigen synthetische bacterie-chromosoom in. En lo and behold, het ding kwam tot leven en gedroeg zich als een M. mycoides.


Dit hele proces is vooral een ‘proof of principle’. Venter kan een synthetisch genoom maken (had hij eerder gedaan) en kan een genoom transplanteren (ook eerder gedaan). De combi doet het nu ook. Dat opent de weg naar het maken van totaal zelf ontworpen genomen (dus geen kopie van een bestaand genoom), waarmee hij dan bacterën met nuttige eigenschappen kan maken.

Heeft dit implicaties voor het begrip ‘leven’? Ja en nee, maar daar gaat mijn bijdrage in het Nederlands Dagblad over. Aangezien de schoorsteen hier ook moet roken, komt het eerst in de krant, daarna pas hier op de site. Mocht het ND stuk online komen, dan maak ik direct een link.

Een podcast met een van de teamleden van Venter is hier te vinden.

New Scientist schrijft over ‘Immaculate creation’ – leuke vondst.

Panda’s Thumb legt een link met Frankenstein, die ik ook nog heb overwogen voor mijn artikel, maar toch niet gemaakt het. PT doet het met een dikke knipoog, maar het is misschien een ietwat gevaarlijk beeld om in deze context te gebruiken.

De BBC heeft een uitgebreid nieuwsbericht en een achtergrondstuk met als titel ‘The meaning of life’. Ook een inkoppertje, natuurlijk!

Nature heeft acht deskundigen om een commentaar gevraagd. Dat van ethicus Arthur Caplan vond ik een misser. Zijn laatste alinea luidt: “All of these deeply entrenched metaphysical views are cast into doubt by the demonstration that life can be created from non-living parts,albeit those harvested from a cell. Venter’s achievement would seem to extinguish the argument that life requires a special force or
power to exist. In my view, this makes it one of the most important scientific achievements in the history of mankind.”

Punt is, dat dit experiment niet ontworpen is om het vitalisme te ontkrachten. Immers, Venter gebruikte een van DNA ontdane cel. Je kunt die cel ‘hersendood’ noemen, maar echt doorslaggevend is dat niet. Dat er geen ‘elan vital’ in cellen zit,  is de conclusie van jaren van wetenschappelijk onderzoek, daar voegt dit experiment niet veel aan bij, lijkt mij.

Inmiddels ook een eerste reactie van Answers in Genesis, geheel langs voorspelbare lijnen: er is helemaal geen nieuw leven gemaakt. Op zich hebben ze een punt, maar hun stellingname is naar mijn idee een doodlopende weg.

Ook het Discovery Institute heeft een korte reactie, die benadrukt dat dit synthetische genoom wijst op ontwerp.

Please follow and like:

174 gedachten over “Craig Venter strikes again (update II)”

  1. Leon “De werkelijkheid wordt steeds moeilijker te begrijpen”

    Dat is iets te kort. We begrijpen steeds meer, alleen wordt het steeds moeilijker om nog vooruit te komen. De quantummechanica van een waterstof atoom is nog vrij eenvoudig, voor een 2 atoom molecuul heb je al variatierekening nodig, voor een klein organisch molecuul als b.v. etheen wordt het helemaal een klus, etc. Dus hoe dieper je doordringt of hoe complexer het wordt, hoe moeilijker het wordt om nog goede modellen te maken.

    Inderdaad, de moderne quantumveldentheorie vereist een pittige wiskundige achtergrond, en voor de doorsnee burger is dat niet meer te behappen. String theory is ook zoiets. De ART is vergeleken daarmee nogal gemakkelijk. De moderne wiskunde is ook zo: in een gebied als algebraische geometrie heb je jaren nodig om er een beetje in thuis te geraken. Ook in de kunst: als alles al vertoond is, dan is het niet zo gemakkelijk om nog met iets revolutionairs te komen.

  2. Martin, je hebt natuurlijk gelijk: iedereen zou graag willen meten wat onze kennis nu feitelijk waard is, enz. Er zijn dan ook daadwerkelijk filosofen die epistemologische logica hebben ontwikkeld en meenden dat dat uiteindelijk zou leiden tot duidelijkheid inzake de waarde van wetenschappelijk onderzoek en dergelijke. Sinds Quine heeft laten ‘zien’ (zo zeg je dat, bedoeld wordt uiteraard betoogd, aangetoond, enz) dat de werkelijkheid niet per-se een logsiche bouw heeft, is dat project een beetje ontsppord. Alhoewel er nog steeds wel aan gewerkt wordt, hoor, zo poogt men waarheid te beschrijven als de mate waarin een theorie (of een aantal theorieen) coherent zijn. Als een dergelijke poging slaagt, dan kun je inderdaad bepalen wat betrouwbare kennis onderscheidt van niet betrouwbare kennis.

    Het punt is echter of je voor een wereld die in haar fundamenten niet overeenkomt met de fundamenten van ons denken (wij denken logisch) wel *in principe* een betrouwbare kenmethode kunt opstellen. Het punt is dat een werkelijkheid die niet logisch geordend is voor ons ‘bodemloos’ is. Je idee van waarheid vervalt, want waarheid veronderstelt dat iets wel of niet het geval is, en niet dat iets en wel en niet het geval is. Dat laatste is voor ons absurd. De minimale epistemologische eis die je aan betrouwbare kennis kunt stellen is dat wij op grond van deze kennis kunnen handelen (of concrete testen kunnen uitvoeren). Dat is in een niet-logische of onbetrouwbare werkelijkheid niet mogelijk. En dan strandt je project (tenzij we natuurlijk -dat las ik gisteren in een boek dat momenteel een bestseller is- in staat zijn om onze hersenen te verbouwen en zo de ingebouwde beperkingen opheffen. Tsja, als dat mogelijk is…).

  3. Jan: “De minimale epistemologische eis die je aan betrouwbare kennis kunt stellen is dat wij op grond van deze kennis kunnen handelen (of concrete testen kunnen uitvoeren). Dat is in een niet-logische of onbetrouwbare werkelijkheid niet mogelijk.”

    Handelen en concrete tests uitvoeren: dat kunnen wij toch? Zie de moderne technologie.

  4. Martin, ja dat kunnen we: maar zullen we het altijd en in elk geval kunnen? Zal onze studie van de werkelijkheid ooit stagneren?

    Als wetenschap nicheconstruction is (en dat zou, volgens van Fraassen, een goede verklaring kunnen zijn voor de beroemde vraag van Einstein: hoe is het toch mogelijk dat wij de werkelijkheid kunnen beschrijven?), dan zal wetenschap naarmate we de grenzen van ons begrip steeds dichter naderen steeds lastiger en tegenintuitiever worden. En uiteindelijk zullen we ontdekken dat bepaalde vraagstukken wel erg weerbarstig zijn: we kunnen geen testen uitvoeren als we niet beschikken over een goede begrijpelijke theorie.

    En inderdaad: als wetenschap de waarheid steeds dichter zou benaderen zoals de convergentierealist zegt, dan zou de logica van het geheel steeds duidelijker moeten worden. In ons geval gebeurt er iets anders, het omgekeerde: de complexiteit van de vraagstukken neemt juist toe en onze logica laat het afweten. Ons wereldbeeld wordt niet duidelijker en overzichtelijker, maar juist ondoorzichtiger.

    Wat zegt dat over de betrouwbaarheid van onze huidige kennis? Onze meest fundamentele gevoel voor orde en regelmaat -onze logica- is niet krachtig genoeg om er alle verschijnselen mee te ordenen.

  5. Dit is een goeie samenvatting van wat je al jaren aan de man probeert te brengen. Ik denk dat dit de duidelijkste uitleg is die ik er al van heb gelezen.

    Het kan natuurlijk ook zijn dat omdat ik de theorie op zich al vaak gelezen heb, die alsmaar duidelijker wordt.

  6. “In ons geval gebeurt er iets anders, het omgekeerde: de complexiteit van de vraagstukken neemt juist toe en onze logica laat het afweten. Ons wereldbeeld wordt niet duidelijker en overzichtelijker, maar juist ondoorzichtiger.”

    Je zou echt wat exacter moeten worden, Jan. Je houdt toch van logica?

    1. Complexiteit kan wiskundige en calculational problemen opleveren, maar dat betekent niet dat onze logica het laat afweten. Moderne electronica kan heel complex zijn, maar het werkt juist _omdat_ het zo logisch is.

    2. “niet overzichtelijker” is niet hetzelfde als “ondoorzichtiger”.

  7. Martin, uiteraard moet ik wat exacter worden en ook wat oppassender en wat netter: wie is er in deze boze wereld nu wel deugdzaam en volmaakt?

    Op het ogenblik zijn er in de natuurkunde twee theorieen die elkaar uitsluiten. Dit is in de geschiedenis van de fysica uniek: beide theorieen behoren tot de best geconfirmeerde theorieen waarover we ooit hebben kunnen beschikken. (De strekking van Lee Smolensky’s boek, The Trouble With Physics).

    Al die inspanningen van de fysici hebben tot nu toe niet geleid tot een coherent wereldbeeld.

    Dit ene voorbeeld is uit te breiden met ettelijke andere voorbeelden waaruit blijkt dat de eenheid in ons huidige (theoretische) wereldbeeld ver te zoeken is. De biochemicus Wagner voert voorbeelden aan waaruit zou kunnen blijken dat we het idee dat de werkelijkheid zelf coherent eigenlijk zouden moeten opgeven.

    En Zeilinger zegt in Einsteins schleier dat de werkelijkheid, ondanks dat wij deze kunnen beheersen, eigenlijk niet langer begrijpelijk is: we kunnen ons geen logische voorstelling maken bij de experimenten die we uitvoeren.

    Dit is een kleine lijst met voorbeelden. De vraag is nu: hoe is het toch mogelijk dat de wereld, naarmate wij haar naarstiger aan onderzoek onderwerpen, ons idee van logica en orde zo lijkt te weerspreken? Convergentierealisme kan dit niet verklaren, nicheconstruction wel.

  8. Halo Jona! Jij ook hier? Ja, je hebt gelijk: erg gevarieerd is de boodschap niet :). Ik moet mijn mond maar eens leren houden, dat is ook een deugd.

  9. “Op het ogenblik zijn er in de natuurkunde twee theorieen die elkaar uitsluiten. Dit is in de geschiedenis van de fysica uniek: beide theorieen behoren tot de best geconfirmeerde theorieen waarover we ooit hebben kunnen beschikken”?

    Uitsluiten? Dat kan helemaal niet. Welke theorieën zijn dat? Best geconfirmeerd?

    Ik neem aan dat je bedoelt we nog geen quantumtheorie van de gravitatie hebben?

    De theorie beschrijft de resultaten van Zeilinger juist heel goed, dus waar is het logische probleem? Het kan zijn dat quantum logica niet met onze alledaagse logica overeenkomt, dat weer wel.

    Ik begrijp wel wat je met niche constructie bedoelt, hoor, maar je argument over wetenschap en logica vind ik nogal duister. Ik lees wel eens iets over “foundations of physics”, en daar moet je ontzettend uitkijken wat je zegt. De meeste specialisten in dit gebied zijn er hun hele leven mee bezig. Het formalisme van de QM is uiteraard een Dauerbrenner.

    En ook al wordt er 200 jaar aan een fundamenteel probleem geknutseld, dan betekent dat niet dat het nooit gaat lukken. Tussen Newton en Schrödinger zat ook zo’n 300 jaar – so what?

  10. Martin, en daar is -je kun er de klaok op gelijk zetten, is dat niet exact genoeg?- dan weer het eigenlijke argument: tot nu toe ging het goed, dus het zal altijd goed gaan… Wie let er op een jaartje of honderd?

    Het zal wel iets met optimisme te maken hebben…

    Een sterk argument is het niet, in ieder geval.

    Zeilinger en Smolensky zeggen dit soort dingen, Martin, ik kan er niets aan doen. Smolensky zegt dat physics in trouble is (en hij ziet niets in snaartjes) en Zeilinger zegt dat hij eigenlijk niet snapt wat hij aan het doen is.

    Cognitiepsychologen stellen voorts vast dat wij de werkelijkheid omvormen naar wat wij van de werkelijkheid kunnen begrijpen gegeven de structuur van ons brein. Er zijn talloze aardige experimenten gedaan waarmee men dat beeld keer op keer bevestigt.

    Dat je mijn argument over wetenschap en logica duister vindt, tenslotte, moet veroorzaakt worden door gebrek aan licht… of dat licht nu niet schijnt in de werkelijkheid, niet in mijn brein of niet in jouw brein, dat soort vragstukken is altijd lastig op te lossen… 🙂

    Het is weekend, Martin, we moeten rusten en van de zon genieten.

  11. @ Jan

    Volgens mij gebruik jij het woord ‘bovennatuurlijk’ dubbelzinnig. Enerzijds gebruik je het voor alles wat buiten onze epistemische grenzen ligt (laten we dit ‘BN1’ noemen), maar anderzijds gebruik je het ook voor goddelijke inmenging (bijv. ervaringen van God) in onze werkelijkheid (laten we dit ‘BN2’ noemen). BN2 is wat de meeste mensen onder ‘bovennatuurlijk’ verstaan. BN2 volgt echter helemaal niet uit BM1, integendeel zelfs: goddelijke inmenging (BN2) valt binnen onze epistemische grenzen en is dus zelfs strijdig met BN1! BN1 is heel goed te verdedigen en niet strijdig met (metafysisch) naturalisme, alleen vind ik de term ‘bovennatuurlijk’ hier misleidend. BN2 daarentegen is helemaal niet goed te verdedigen en wel strijdig met naturalisme.

    In je poging het naturalisme te weerleggen probeer je vooral BN1 aannemelijk te maken, maar dat is niet strijdig met naturalisme. Als je naturalisme wilt ontkrachten, zul je BN2 aannemelijk moeten maken. Daarin ben je (in ieder geval tot nu toe) verre van geslaagd.

    Vervolgens schrijf je: “Evenwel, als je kunt betogen of aantonen dat de werkelijkheid niet volledig kan worden begrepen, dan zijn natuurlijk je meest betrouwbare kenmethoden niet langer betrouwbaar. En als je kenmethoden niet betrouwbaar zijn, dan ben je niet goed in staat om te zeggen wat er wel of niet kan voorkomen in de werkelijkheid.”

    Nu maak je weer dezelfde fout waarop ik je eerder wees en die je ook nog ontkende. Bij jou is het blijkbaar alles of niets: je methoden zijn betrouwbaar (als de werkelijkheid geheel begrijpbaar is) of niet betrouwbaar (als de werkelijkheid niet geheel begrijpbaar is). Dit lijkt me nogal een bizarre stellingname, zeker voor een wijsgeer. Betrouwbaarheid van methoden komt in gradaties: geen enkele is onfeilbaar, maar sommige blijken wel goed te werken (en andere minder of niet). We kunnen hierdoor wel degelijk uitspraken met een (zeer) hoge betrouwbaarheid doen, alleen nooit met 100% zekerheid. Met Bayes kun je dit principe mooi formaliseren.

    Ik snap trouwens niet wat je nog doet als wijsgeer op fora. Met jouw manier van redeneren kun je als advocaat bakken met geld verdienen! Je kunt namelijk iedereen vrijpleiten! Je kunt immers altijd tegen de rechter zeggen: “Edelachtbare, er zijn logisch gezien vele mogelijkheden waarbij mijn cliënt niet schuldig is. Die kunt u – met uw beperkte cognitieve vermogens – niet uitsluiten, dus kunt u nooit bepalen dat mijn cliënt schuldig is. Derhalve zou mijn cliënt vrijuit moeten gaan.” Zou de rechter overtuigd zijn?

  12. Bart, ik heb de term ‘bovennatuurlijk’ altijd keurig en erg precies gedefinieerd.

    BN1 en BN2 sluit elkaar niet uit, maar liggen in elkaars verlengde. Daarmee vervalt je verweer, het spijt me.

    ’t Kon gelukkig erg kort vandaag, morgen schijnt de zon…

  13. @Bart:
    Wat denk je van de term ‘buitennatuurlijk’ voor BN1 ? Dan is de demarcatie van BN1 en BN2 eenduidig, en hoef je de afkortingen niet eens te veranderen 🙂

    Duidelijk en overtuigend betoog in je laatste reactie.

  14. Bart, ik heb heerlijk geslapen vannacht. Laten we eens even de moeite nemen om je (foutieve) betoog te ontwarren.

    Wij ordenen al onze kennis coherent. Kennis die anders dan coherent wordt geordend kunnen wij niet begrijpen en, erger, daar kunnen wij niet naar handelen. ‘Je moet altijd stenen naar een filosoof gooien’ en ‘je moet nooit stenen naar een filosoof gooien’ is een voorbeeld van niet uitvoerbare opdracht.

    De natuurlijke werkelijkheid is dan ook coherent geordend. Het verschil tussen een niet natuurlijke werkelijkheid en onze natuurlijke werkelijkheid kan dan ook mooi worden uitgedrukt in de Wittgensteiniaanse termen: de werkelijkheid waarin wij ons kunnen handhaven is de ‘logische ruimte’.

    (a) Als nu de werkelijkheid altijd en overal coherent is, dan valt deze logische ruimte samen met de werkelijkheid en dan zijn wij -in principe- alwetend. (b) Als dat niet het geval is, dan kunnen we spreken van een kantiaanse tweedeling: er is een natuurlijke en er is een bovennatuurlijke of metafysische werkelijkheid.

    Stel nu dat iemand kan aantonen dat (b) het geval is. Wat is dan *voor ons* de aard van deze metafysische werkelijkheid (ik gebruik nu maar even deze term, om alle associaties met het occulte te vermijden)?

    Dat is uiteraard de zeer interessante vraag. In ieder geval is de natuurlijke werkelijkheid een deelverzameing van de metafysische werkelijkheid. Want alle beweringen die waar zijn kunnen in de metafysische werkelijkheid per definitie waar & onwaar zijn. En het tweede wat je kunt constateren is dat het voor ons niet mogelijk is om ‘ware’ en ‘onware’ uitspraken van elkaar te onderscheiden (vandaar dat onze natuurlijke systemen vervallen). Al met al betekent dit dat wij ons van deze metafysische werkelijkheid geen beeld kunnen vormen, dat wij ons er niet in kunnen handhaven en dat wij deze werkelijkheid niet kunnen begrijpen. Wij kunnen hem echter wel kennen/ervaren, want onze werkelijkheid is een deelverzameling van deze metafysische werkleijkheid (per definitie: let op de distributie van de waarheidswaarden!).

    Ik weet zeker dat ik dit modelletje de afgelopen vijf jaar zeker twintig tot dertig keer voor je uit de doeken heb gedaan. Laten we hopen dat het nu beklijft. Het is een nutiige oefening om je eigen opmerkingen uit de voorgaande post te weerleggen (of niet natuurlijk).

  15. Jan Riemersma,

    Om het begrijpelijk te maken en om misverstanden te vootkomen heb ik in de voorlaatste alinea van bovenstaand betoog een paar keer het woordje ‘dan’ toegevoegd.

    “Dat is uiteraard de zeer interessante vraag. In ieder geval is de natuurlijke werkelijkheid dan een deelverzameing van de metafysische werkelijkheid. Want alle beweringen die waar zijn kunnen in de metafysische werkelijkheid per definitie waar & onwaar zijn. En het tweede wat je kunt constateren is dat het voor ons dan niet mogelijk is om ‘ware’ en ‘onware’ uitspraken van elkaar te onderscheiden (vandaar dat onze natuurlijke systemen vervallen). Al met al betekent dit dat wij ons van deze metafysische werkelijkheid geen beeld kunnen vormen…”

    Mee eens ?

  16. Rob, misschien zelfs beter: dan blijkt in ieder geval beter dat het conditioneel is. Het is inderdaad een (slimme) verbetering.

  17. Maar Rob, dat is dan erg fijn. En zou je ook kunnen aangeven waarom het je een stuk duidelijker is (hoeft niet natuurlijk, nomen est omen: wat vlugten wil zal vlugten mogen, zoals de middeleeuwse dichter -ben z’n naam vergeten- placht te zeggen).

  18. Ach ja, die dichters. Wat kunnen ze het toch mooi zeggen.
    Zelf ben ik nogal dol op de Antwerpse dichteres Els Chot.

    ‘Tussen droom en werkelijkheid staan natuurwetten in den weg en praktische bezwaren’.

  19. Rob, met Elsschot heb ik niet zo veel. Moet een verward man geweest zijn, dat hij hagel en meisjesnamen ineen vlecht. En van zo’n dichtregel begrijp ik eigenlijk ook niet al te veel. Je houdt het wel spannend Rob, je moet een boeiend en intrigerende persoonlijkheid zijn. Ik vermoed ook iets heel dieps en wie weet wat nog meer!

    We zijn nu al gevorderd tot de volgende subsatntiele bijdrage: dan, luchtfietserijm, natuurwetten, droom, sta in de weg en praktische bezwaren.

    Helemaal begrijp ik je argument nog niet, maar ik geloof dat we wel vooruit komen.

    Welaan dan, als je me zoet belooft vandaag niet al te lang in de zon te zullen gaan zitten en beleefd tegen de mensen te zijn die je tegen komt, dan wacht ik je verdere commentaar in alle nederigheid af.

  20. @ Jan

    Ik ken je modelletje al een tijd en kan er een eind in meegaan. Ik denk alleen niet dat het je zover brengt. Met het eerste deel van je reactie van 5 juni ben ik het eens, het is wat ik BN1 noem en niet strijdig met naturalisme. Je vervolgt echter met “Wij kunnen hem echter wel kennen/ervaren, want onze werkelijkheid is een deelverzameling van deze metafysische werkleijkheid”. Deze ‘want’ zul je toch echt even moeten toelichten. Uit het feit dat er delen van de werkelijkheid zijn die wij niet kunnen begrijpen, volgt niet dat wij die delen kunnen kennen of ervaren. Er volgt al helemaal niet uit dat dat deel van de werkelijkheid interfereert met onze natuurwetten (BN2).

    Nu eerst even een praatje voor een afscheidssymposium van een dominee voorbereiden. Het moet ook niet gekker worden met die atheïsten :-).

  21. René,

    alweer een tijdje geleden reageerde ik op je ND stukje, waar ik het idee kreeg dat je voor irrationaliteit pleitte. Je zou daar nog op terugkomen, maar wegens tijdgebrek is dat nog niet gelukt.
    Komt het er deze maand nog van ?

    Een pleidooi voor irrationaliteit vind ik natuurlijk heel intrigerend …

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *

Deze website gebruikt Akismet om spam te verminderen. Bekijk hoe je reactie-gegevens worden verwerkt.